[ich hab die ganze Zeit vom Kupplungsschalter geschrieben, meinte aber den Seitenständerschalter. Hab ich nachträglich korrigiert!]
Die Werkstatt vermutete einen Kabelschaden an der Kupplung
Ich vermute weiterhin ein "Problem" mit dem Seitenständerschalter. Warum?
So mancher bedenkt nicht, dass reines H2O nicht stromleitend ist. Nur wenn es mit Ionen versetzt wurde (kaufbares "destilliertes Wasser" aus dem Baumarkt ist i.d.R entionisiert), also gelöste Salze und diverse andere Stoffe enthalten sind, leitet es Strom. Ich könnte mir vorstellen, dass Regenwasser - weil es kondensierte, bevor es zu Boden fiel - relativ schlecht oder gar nicht leitend ist und deshalb beim Eindringen in den Seitenständerschalter isolierend wirkt. Bei der ersten Bewegung des Seitenständers wird diese "Isolierung" dann beseitigt.
Ich würde an Deiner Stelle den Seitenständerschalter wechseln oder überarbeiten. Das scheint mir als Ursache plausibel - Du hast ja entsprechend berichtet.
Ansonsten: Ich stelle grundsätzlich meine 4 Moppets mit eingelegtem Gang ab (dies bewirkt einen gewollten Wegrollschutz) und nutze den Effekt, dass bei Betätigung des Seitenständers der Motor aus geht. Wenn ich starte, schalte ich vorsorglich in den Leerlauf und klappe den Seitenständer hoch (ich sitze dann schon drauf, denn ich lasse meine Motorräder nicht auf dem Seitenständer stehend warmlaufen - darf man eh nicht 
). Außerdem betätige ich beim Startvorgang den Kupplungshebel. Warum?
- Der betätigte Kupplungsschalter bewirkt zumindest bei der Yamaha (TDR 125 Deltabox) eine Veränderung des Zündzeitpunktes, ob das bei der Honda auch so geschieht, konnte ich nicht ermitteln.
- Auch wenn die Moppets bei mir zu Hause in einer beheizten Garage stehen, kleben beim morgentlichen Start immer mal wieder die Kupplungsbeläge aneinander (hab schon einige Kupplungskits durch und diverse unterschiedliche Motoröle, keine Besserung, es ist ja auch nicht immer so), ein Starten des Motors ist dann bei eingelegtem Gang und gezogener Kupplung wegen der Schwergängigkeit kaum möglich. Also hab ich mir das so antrainiert und bin mit dieser Prozedur zufrieden.
Viel Erfolg beim Vermehren der neuen Erkenntnisse und beim Lösen des Problems!