Endlich, das Problem ist gelöst!!! 
Ursache war der Rotor, wie von bluemeanie vermutet! Stammte vermutlich von einer CB125.
Ich habe den Rotor und Stator gewechselt, beide Teile habe ich bei Ebay ergattert. Erst habe ich den Stator getauscht ohne Erfolg (der alte Stator hatte eine selbst gewickelte Spule). Anschließend habe ich den Rotor (Magnet) gewechselt und siehe da jetzt läuft sie einwandfrei, hochdrehen sauber bis 4-5k Umdrehungen ohne Ruckeln! 
Wollte mich hier nochmal bei jedem bedanken der sich bei der Fehlersuche beteiligt hat. 
Anbei noch ein paar Bilder. Klar zu erkennen ist der unterschied beim Rotor, der alte von der CB125 hatte 6 Magnete die kürzer waren. Der von der XL 125 nur 4 Magnete die jedoch Länger sind.
