Das übliche, Rauspolieren. Wenns nicht mehr geht, Lackieren.
Vermeiden kann man Kratzer nur durch Lackschutzfolie, manche raten auch zur "Wunderkonservierung" mit allem möglichen High-Tech Zeugs.
Ich würds einfach so belassen, Gebrauchsspuren gehören dazu. Aber das sehen bestimmt nicht alle so 
Lackierte Seitenkoffer sind schön aber empfindlich. Keine Ahnung wieviel Kratzer deine haben aber ich würds lackieren lassen..gibt auch in jeder grössern Stadt die Spezialisten für Spotrepair mal fragen was es kostet? Hatte eine unschöne Delle auf der Motorhaube wurde perfekt repariert kennt keiner mehr EUR 100.